Ο ειδυλλιακής φυσικής ομορφιάς κόλπος του Ναβαρίνου, ο ωραιότερος κόλπος του κόσμου, όπως τον αποκάλεσε ο Ερρίκος Σλήμαν, προσέλκυσε τους ανθρώπους ήδη από τα προϊστορικά χρόνια. Στον όρμο της Βοϊδοκοιλιάς έχουν έρθει στο φως σε διάφορες θέσεις προϊστορικά οικιστικά και ταφικά κατάλοιπα (4500 π.Χ.-1060 π.Χ.). Από αυτά ξεχωρίζει ο μυκηναϊκός θολωτός τάφος γνωστός ως «Τάφος του Θρασυμήδη», γιου του Νέστορα. Έχει κατασκευαστεί σε άμεση οπτική επαφή με το Νεολιθικό και μυκηναϊκό “Σπήλαιο του Νέστορος”, που βρίσκεται στη χερσόνησο του Κορυφασίου, κάτω από το Παλαιόκαστρο. Ο θολωτός τάφος της Βοϊδοκοιλιάς χτίστηκε στη θέση ενός προγενέστερου Μεσοελλαδικού ταφικού τύμβου, ο οποίος διαμορφώθηκε πάνω στα οικοδομικά κατάλοιπα ενός Πρωτοελλαδικού οικισμού. Πρόκειται για έναν από τους πιο αναγνωρίσιμους τόπους μνήμης των αρχαίων Μεσσήνιων και χαρακτηριστικό παράδειγμα χώρου τέλεσης προγονολατρείας και ηρωολατρείας κατά τους ιστορικούς χρόνους. Η περιοχή γύρω από το Παλαιόκαστρο κατοικήθηκε από την κλασική έως και την πρώιμη βυζαντινή περίοδο και ταυτίζεται με την Πύλο των ιστορικών χρόνων. Εκτεταμένα νεκροταφεία με ταφές και πυρές της ελληνιστικής και ρωμαϊκής περιόδου αποκαλύφθηκαν στους πρόποδες του λόφου του Προφήτη Ηλία αλλά και στην περιοχή της Τραγάνας και της λιμνοθάλασσας του Διβαρίου, που αποτελεί υδροβιότοπο, όπου βρίσκουν καταφύγιο πολλά είδη αποδημητικών πουλιών. Μέχρι σήμερα στον χώρο δεσπόζει η μεσαιωνική πόλη-κάστρο του Port de Jonc (Παλιό Ναβαρίνο), που έκτισαν οι Φράγκοι τον 13ο αιώνα. Χαρακτηριστικά δείγματα της μεσαιωνικής οχυρωματικής αρχιτεκτονικής, τόσο το Παλαιόκαστρο όσο και το Νιόκαστρο της Πύλου αντανακλούν την ιστορική πορεία της περιοχής από τον μεσαίωνα μέχρι και τους νεότερους χρόνους.