Από το 2011 έως το 2015  η Εφορεία Αρχαιοτήτων Μεσσηνίας (πρώην ΛΗ΄ΕΠΚΑ) και η Διεύθυνση Μελετών και Εκτέλεσης Έργων Μουσείων και Πολιτιστικών Κτηρίων του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού πραγματοποίησαν τα έργα: 1. «Προστασία και Ανάδειξη του Αρχαιολογικού Χώρου του Ανακτόρου του Νέστορος στο λόφο του Άνω Εγκλιανού, Δ.Δ.  Χώρας του Νομού Μεσσηνίας» (προϋπολογισμού 450.000 €) και  2. «Κατασκευή νέου στεγάστρου προστασίας του Ανακτόρου του Νέστορος στον Άνω Εγκλιανό Π.Ε Μεσσηνίας» (προϋπολογισμού 2.068.400 €), ενταγμένα στον Άξονα Προτεραιότητας «08 – Αειφόρος Ανάπτυξη και Ποιότητα Ζωής Πελοποννήσου» του  Ε.Π. «Δυτική Ελλάδα – Πελοπόννησος – Ιόνιοι Νήσοι, 2007-2013», με τη συγχρηματοδότηση της Ελλάδας και του Ευρωπαϊκού Ταμείου Περιφερειακής Ανάπτυξης.

    Το μεταλλικό στέγαστρο προστασίας του μνημείου, που τοποθέτησε το  1961 η Ελληνική Αρχαιολογική Υπηρεσία, έκτασης 2.300 τ.μ. και με 47 υποστυλώματα τύπου dexion, παρουσίαζε έντονη φθορά. Αντικαταστάθηκε με το σύγχρονο στέγαστρο από δομικό χάλυβα, που προστατεύει πλέον ενιαία το κεντρικό ανακτορικό μνημείο σε έκταση  3.185 τ.μ. Η οροφή του, συνολικού πλάτους 51,50 μ.,  έχει τη γεωμετρία τόξου κύκλου ακτίνας 84,88 μ. και στηρίζεται σε 16 μόνο υποστυλώματα διαμοιρασμένα στις δύο μακρές πλευρές της. Αναρτώμενοι μεταλλικοί διάδρομοι διαμορφώνουν το δίκτυο περιήγησης των επισκεπτών πάνω από το μνημείο, ενώ ειδικός ανελκυστήρας εξυπηρετεί τα Άτομα με Αναπηρία. Κατά την αντικατάσταση του στεγάστρου πραγματοποιήθηκαν οι απαραίτητες εργασίες αρχαιολογικής έρευνας και τεκμηρίωσης. Για την επαυξημένη προστασία του μνημείου, τα ευπαθή τμήματά του εγκιβωτίστηκαν σε ξύλινους νάρθηκες, οι εσωτερικοί του χώροι  προστατεύτηκαν με ειδικά αδρανή υλικά και ολόκληρο το Κεντρικό Κτήριο καλύφθηκε με ένα ενιαίο ξύλινο δάπεδο.

     Nέες υποδομές περιήγησης, πληροφόρησης, αναψυχής, υγιεινής και ασφάλειας με ιδιαίτερη μέριμνα για τα Άτομα με Αναπηρία εξασφαλίζουν υψηλά επίπεδα λειτουργικότητας του αρχαιολογικού χώρου και εμπνέουν  μια μοναδική εμπειρία περιήγησης στο μυκηναϊκό παρελθόν της Μεσσηνίας.