Το κτήριο Μαιζώνος στο Νιόκαστρο Πύλου, όπου μεταφέρθηκε η νέα έκθεση, είναι ένα επίμηκες ιστορικό, διατηρητέο κτήριο με πολλά ανοίγματα και περιορισμένων διαστάσεων εκθεσιακό χώρο. Με γνώμονα λοιπόν τα χαρακτηριστικά αυτά, έγινε προσπάθεια το εκθεσιακό σενάριο να ενταχθεί αρμονικά στο κτηριακό κέλυφος.
Για τον σκοπό αυτό έγινε αυστηρή επιλογή των προς έκθεση αντικειμένων μεταξύ όλου του διαθέσιμου υλικού που προέρχεται τόσο από την παλιά όσο, και από τη νεότερη αρχαιολογική έρευνα. Επιλέχθηκε να παρουσιαστούν οι συστηματικά ανεσκαμμένες και δημοσιευμένες θέσεις που απέδωσαν ανασκαφικά ευρήματα τα οποία μπορούν να εκτεθούν και αποτελούν τους δυνατούς κρίκους στο ταξίδι της αναζήτησης της Πύλου.
Θέσεις που αποτελούν τους ενδιάμεσους σταθμούς της ιστορίας μας, αλλά οι γνώσεις μας γι’ αυτές προκύπτουν κυρίως μέσα από τις γραπτές πηγές και τα σποραδικά αρχαιολογικά ευρήματα (π.Χ. η Πύλος των Ρωμαϊκών χρόνων, η μάχη της Σφακτηρίας) παρουσιάζονται στις ψηφιακές εφαρμογές.