Η αρχαία Μεσσήνη ιδρύθηκε το 369 π.Χ. από τον Θηβαίο στρατηγό Επαμεινώνδα, ο οποίος έδωσε τέλος στη μακραίωνη σπαρτιατική κατοχή στη Μεσσηνία. Η πόλη αναπτύχθηκε στους πρόποδες του όρους Ιθώμη, ένα φυσικό οχυρό με το ιερό του Δία Ιθωμάτα στην κορυφή και τα ιερά της Αρτέμιδος Λιμνάτιδος και της Ειλειθυίας στη νότια πλαγιά. Οικοδομήθηκε σύμφωνα με το ιπποδάμειο πολεοδομικό σύστημα και προστατευόταν με ισχυρά οχυρωματικά τείχη συνολικού μήκους 9,5 χλμ. Η πόλη γνώρισε μεγάλη ακμή κυρίως κατά τους ελληνιστικούς και τους πρώιμους αυτοκρατορικούς χρόνους (3ος αι. π.Χ- 1ος αι. μ.Χ.) ως σπουδαίο πολιτικό, θρησκευτικό και καλλιτεχνικό κέντρο. Πυρήνας της δημόσιας ζωής της πόλης ήταν το οικοδομικό συγκρότημα του Ασκληπιείου μαζί με τη γειτονική Αγορά. Μεταξύ των ποικίλων κοσμικών κτισμάτων συγκαταλέγονται το θέατρο, το στάδιο-γυμνάσιο, η κρήνη Αρσινόη αλλά και λουτρικά συγκροτήματα και αστικές ρωμαϊκές επαύλεις. Ιερά οικοδομήματα και τεμένη ήταν αφιερωμένα στη λατρεία της Άρτεμης, της Μεσσάνας, της Δήμητρας και των Διοσκούρων, του Δία Σωτήρα, του Ποσειδώνα, της Αφροδίτης, της Κυβέλης, του Σάραπη και της Ίσιδος αλλά και στη λατρεία ηρώων και οικιστών, όπως του Αριστομένη και του Επαμεινώνδα, και των Σεβαστών Ρωμαίων αυτοκρατόρων. Μεγαλοπρεπή ταφικά μνημεία είχαν ανεγερθεί προς τιμήν ευεργετών της πόλης αλλά και πεσσόντων, που τιμήθηκαν μετά θάνατον ως ήρωες. Το Ασκληπιείο και άλλα κτήρια φιλοξενούσαν αξιόλογα έργα τέχνης, μεταξύ των οποίων ξεχώριζαν τα γλυπτά του Μεσσήνιου γλύπτη Δαμοφώντος, ενώ πολυάριθμα ενεπίγραφα βάθρα ποικίλων αναθημάτων αποτελούν μάρτυρες της κοινωνικής, πολιτικής και θρησκευτικής ζωής της πόλης.
Από τον 3ο αι. μ.Χ. η πόλη παρακμάζει, και γύρω στα 360/370 μ.Χ. εγκαταλείπεται οριστικά. Η περιοχή κατοικείται εκ νέου στα Πρωτοβυζαντινά χρόνια (5ος-7ος αι. μ. Χ), έως και το 1500 μ.Χ.

Η Μεσσήνη και τα μνημεία της είναι γνωστά από το έργο του περιηγητή Παυσανία (2ος αι. μ.Χ.) αλλά και από τα οδοιπορικά ευρωπαίων περιηγητών (19ος αι.). Η ανασκαφική έρευνα υπό την αιγίδα της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας ξεκίνησε το 1895 από τον Θεμιστοκλή Σοφούλη και συνεχίστηκε από τον Γεώργιο Οικονόμο (1909 και 1925) και τον Αναστάσιο Ορλάνδο (1957-1974). Από το 1986 έως το 2023 υπό τη διεύθυνση του Πέτρου Θέμελη και υπό την αιγίδα της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας και του Υπουργείου Πολιτισμού, έχει εκτελεσθεί ένα εκτεταμένο ανασκαφικό και αναστηλωτικό έργο, με στόχο τη διδακτική ανάγνωση και ανάδειξη του αρχαιολογικού χώρου. Αρμόδια Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού για την οργάνωση και λειτουργία του αρχαιολογικού χώρου είναι η Εφορεία Αρχαιοτήτων Μεσσηνίας.